karşılaştırmalı genomik hibridizasyon ne demek?

Karşılaştırmalı genomik hibridizasyon (CGH), bir organizmanın DNA'sındaki kazançları veya kayıpları tespit etmek için kullanılan bir moleküler sitogenetik tekniktir. Temel olarak, bir referans genomu ile bir test genomunu karşılaştırarak, test genomundaki belirli DNA bölgelerinin göreceli miktarındaki farklılıkları belirlemeye yardımcı olur. Bu teknik özellikle kromozomal anormallikler, gen duplikasyonları veya gen delesyonları gibi durumları incelemek için kullanılır.

CGH'nin Temel Adımları:

1. DNA Hazırlığı: Test edilecek DNA (örneğin, tümör hücresi DNA'sı) ve referans DNA (örneğin, sağlıklı hücre DNA'sı) izole edilir.

2. Etiketleme: Her iki DNA örneği de farklı florokromlarla (genellikle farklı renklerde) etiketlenir. Örneğin, test DNA'sı yeşil ve referans DNA'sı kırmızı ile işaretlenebilir.

3. Hibridizasyon: Etiketlenmiş test ve referans DNA'ları denatüre edilir (tek zincirli hale getirilir) ve daha sonra metafaz kromozomları üzerinde veya bir DNA mikroarray üzerinde hibridize edilir.

4. Görüntüleme ve Analiz: Hibridizasyondan sonra, kromozomlar veya mikroarray üzerindeki floresan sinyalleri görüntülenir ve analiz edilir. Test ve referans DNA'larının göreceli oranları, renk yoğunluğuna göre belirlenir. Örneğin, belirli bir bölgede yeşil sinyal yoğunluğu kırmızıdan yüksekse, test DNA'sında o bölgenin çoğaltıldığı (kazanım) anlamına gelir. Kırmızı sinyal yoğunluğunun yeşilden yüksek olması ise o bölgenin test DNA'sında silindiği (kayıp) anlamına gelir.

CGH'nin Kullanım Alanları:

• Kanser Genetiği: Tümörlerdeki genetik değişiklikleri belirlemede (örneğin, onkogenlerin amplifikasyonu veya tümör baskılayıcı genlerin kaybı).
• Doğumsal Anormallikler: Gelişimsel bozukluklarla ilişkili kromozomal dengesizlikleri saptamada.
• Genetik Tanı: Bilinen veya şüphelenilen genetik sendromların tanısında.
• Araştırma: Genomik varyasyonları ve evrimsel ilişkileri anlamada.

CGH'nin Avantajları:

• Genomun tamamını tarayabilme yeteneği.
• Daha önce karakterize edilmemiş genetik değişiklikleri tespit edebilme.
• Relatif olarak yüksek çözünürlük (özellikle mikroarray CGH).

CGH'nin Dezavantajları:

• Dengesiz translokasyonları veya inversiyonları tespit edememe.
• Mozaizmi tespit etmede sınırlılık.
• Düşük seviyeli amplifikasyonları veya delesyonları gözden kaçırabilme.